A mi me paso algo parecido cuando estuve tocando los DPI, y aun volviendo a poner los correctos se me quedo tonta la distribución.
No se que solución tendrá porque yo siempre estoy probando, y para que no se me mezclen cosas, hago instalaciones FULL LIMPIAS.
Podrías probar a reinstalar encima la rom, borrando simplemente cache. Tal vez eso podría corregirte casi cualquier cosa sin borrarte aplicaciones, configuraciones ni mucho menos datos personales como fotos y demás.
Doy por hecho que en tu "actualización" NO has mezclado versiones (tipos) de ROM diferentes... o cosas raras.