Es cierto, las actualizaciones OTA van por IMEI, así que si le cambias la rom no recibirás actualizaciones automáticas, tendrás que actualizarlo manualmente. Uno con Android stock sólo recibe las OTA de la stock, y el Cyano sólo las de Cyano.

Sí puedes cambiar el logo de Movistar cambiando el tema de Cyanogen, en los ajustes hay un apartado para poner temas y con ellos también puedes cambiar el bootanimation (logo de encendido).