Jamás, yo si que tengo el teléfono con root y le doy mucha tralla en cuanto a flashear y demás. Nunca he tenido problemas con la sincronizacion de los contactos. Mira si tu cuenta de Google crea bien la copia de seguridad.
Comprueba desde el pc accediendo al menú de contactos y mira si se guardan.
Por si acaso... En Gmail está la opción, te dejaré captura.
Si todo está correctamente crea un backup de tus contactos e importalos desde un pc en la cuenta de Google.
Otra cosa que se me ocurre es que no guardes los contactos en la cuenta de Google. Asegúrate de ello.
Un saludo
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