Bueno, pues gracias a este hilo tengo en mi s4 i9505 la 5.0.1 libre de marcas, black edition, rooteada y sin problemas. Y eso que he actualizado en vez de instalación limpia. De momento todo bien.
Ahora estaba investigando para instalar el Xposed, y me encuentro con el dilema de si soy odex o deodex...
Bueno, pues hay un programita en la store llamado DEODEX CHECKER, u al igual que el root check, te dice el estado del firmware.
En este caso Deodexed, así que a probar el xposed en cuanto haga un backup.
Un saludo!
EDITO: Falsa alarma, no está deodexed, así que el programita me la ha jugado.