Ya he comentado que mkv es un contenedor y da problemas en según que perfiles incluso con dispositivos específicos como discos multimedia.
Si realmente os interesa tanto ese formato siempre se puede convertir (hay muchos programas para ello) y hacerlo compatible.
En mi caso, ver una película con AC3 5.1 y HD en una pantalla de 10 pulgadas con 2 mini-altavoces pues no lo acabo de encajar. Otra cosa es querer usar la salida HDMI.