Para estar en Lollipop 'completamente', como tu dices, basta con flashear desde fastboot, una STOCK ROM de Lollipop. Ya que de ese modo tendrás tanto el bootloader, kernel, sistema en Lollipop.
Lo que tu has hecho es subir por OTA hasta 4.4.4, en ese momento tenías TODO en KitKat, y luego has 'instalado' desde un Custom Recovery una Custom ROM (en este caso la Stock Rom Optimized de LP) la cual no toca el bootloader. Por lo tanto, aunque 'de aspecto' a ti te parezca que tienes el Moto G con LP, no está 'completamente' en LP, ya que el bootloader sigue siendo KitKat. Y es por eso que te saldrán la franja famosa del parpadeo.
