Si es .mkv, yo utilizo freemake video converter, como su nombre indica es gratuito y bastante sencillo, convierto los vídeos a mp4. Si son avi u otro formato compatible, los meto directamente.
Lo mejor es que pruebes con una demo que pese poco y fuerce al máximo el efecto 3D. Yo probé con una de aviones y el caza parecía que estaba en medio del "cine".