Para actualizar, lo puedes leer en el primer post...
Renombras a update.zip, metes en sd, e instalas con CWM.
El navigation se cierra dando al boton de...MENU!!!...y luego Salir de Navigation
Si quieres cerrar las demás aplicaciones hay una opción en el menu de cyanogen, para cerrar las aplicaciones al salir.
Saludos
