Hay actualizaciones que no borran nada, que son las menores... pero como no lo sabes pues puede ser que te lo borre todo.
Otro tema es el de volcar datos de una copia. Yo personalmente, antes y después de una actualización, suelo hacer un reestablecimiento de fábrica y luego, configurar e instalar las cosas manualmente. No me gusta volcar copias de seguridad, a menos que sea de alguna aplicación específica.