Supongo que tienes un Galaxy sin tocar de fabrica con Eclair, pues en esa versión el reproductor de serie no trabajaba con carpetas.
Si es como yo supongo tienes dos opciones:
1- Buscar en el market un reproductor que lea carpetas.
2- Actualizar tu móvil a Froyo, pues el reproductor sí le carpetad y hará lo que buscas sin problemas.
La segunda opción puede ser más compleja de primeras, pero con resultados muchísimos más satisfactorios pues el móvil mejorará en todos los aspectos.
Desde mi Galaxy S.