Vamos a ver, teniendo root y el recovery TWRP (v2871), la instalación de Xposed tiene que funcionar en 6.0.1, yo lo he hecho multitud de veces y ningún problema.
Lo primero que tienes que flashear desde el TWRP es el Xposed Framework en formato .zip, como bien dice @
Jos_DH, la versión buena es la v79-sdk23-arm.
Una vez hecho esto, deberás instalar la .apk Xposed Installer:
http://www.apkmirror.com/apk/rovo89/...-apk-download
Y con esto ya estaría funcionando perfectamente.