Me pierdo un poco entre conceptos, items y campos.
Ya que haces un notifyDataSetChanged() al autocompletar los datos a partir de la base de datos, se va a ejecutar otra vez el getView del adaptador. Es ahí donde tendrás que ver si llamar al setEnabled con true o con false. Esto es igual que cuando pones el texto, no buscas el campo, actualizas los datos y el campo refleja la información.
Si no tienes información suficiente en el array de datos para determinar si hay que habilitar o no la edición tendrás que añadir otro método del tipo setAutocompleted(true/false) para saber si esos datos los ha metido el usuario o se han generado automáticamente y no pueden editarse. Cuando sea por autogeneración haces un datos.get(pos).setAutocompleted(true) y cuando sea por el usuario lo mismo con false.
Así cuando tengas que pintar la celda en getView después de autocompletar lees el valor del boolean y ya sabes si hay que habilitar la edición o no.