Para otra vez, u otras veces, lo que tienes que hacer antes de flashear es hacer un backup de las aplicaciones con el Titanium Backup o aplicaciones similares.
Lo que ganas con esto, es que cuando terminas de flashear, luego de hacer un factory reset (para evitar problemas) descargas el Titanium (o similares) del Market, y vas restaurando las aplicaciones con sus datos.
Para utilizar esta aplicación necesitas ser root