[Logropedro]

Pues tienes que poner cada archivo en su casilla correspondiente, ahora mismo no tengo ninguna guía para el S6 pero no creo que difiera mucho sobre la del s3 que era así:
El Pit en la casilla Pit.*El Code en Pda.*El Modem en Phone.*El Csc en Csc. En el caso de querer flashear el Bootloader pues el Bootloader en la casilla Bootloader*
Sacado del subforo del s6:
en caso de que la rom sea de 4 archivos colocar cada uno en su casilla correspondiente BL, AP, CP y CSC,comprobar que esten marcados los check del recuadro de sus casillas correspondientes,*luego pinchar en pit, aceptar una ventana que se abre, volver a pinchar en el recuadro de abajo que pone pit y ahí se carga nuestro archivo pit, y en la pestaña de al lado OPTIONS nos fijamos si están marcadas Auto-reboot, Re-partition y F. Reset time, deberían estarlo.
Como ves es poner cada archivo en su sitio y se flashea igual, excepto que vuelve a crear las particiones de nuevo y por tanto borra y crea de nuevo absolutamente todo.