Normalmente cuando rooteas el movil, le instalas ROM y esas cosas tienes/o debes activar el modo USB de depuración (android debugging) esta opción está dentro del menú de "Opciones de desarrollo" yo cuando tenía esta opción marcada, al conectar el nexus al pc y ponerlo como transferencia de datos, n o me dejaba acceder a la memoria interna. La solución deshabilitarlo y si algún día lo necesitas pues lo conectas.