en cuanto a la sd, formateala haz lo que quieras jeje, yo mismo llevo la misma que en el paso para rootear, y era la que venia con el telefono.
roms, te recomiendo hacer una copia de tu rom actual y despues actualizar a una virtuoso 1.0.2 de momento, al menos a mi me encanta, viene con sese, y va fluida. El resto es ir probandolas, yo ya me pronunciado muchas veces diciendo que me encanta el sense de htc
al cambiar de rom depende de coo lo hagas se pierde o no informacion. si lo haces sin borrar datos, ni haces wipes ni nada, se conserva todo. otra cosa esque la propia rom lo exija, pero entre roms virtuos no he tenido que hacer wipe(formateos de datos). Depende de quien haga la rom cocinada.
yo el tema de carpetas no lo he tocado, porque casi todas las aplicaciones ue necesito las dejo por los diferentes escritorios que me ofrece el sense de htc, ahora si la rom cyanomod (creo) que si lo permitia.
sense es el programa o launcher propido de htc que hace mas bonito el telefono mas practico y a mi modo mucho mas accesible he intutivo, que con el orginal de android, que queda mazo tsco feo y muy poco practico. pero ya pa gustos (alguno me mata hoy

DD)