Revisa que tengas activada la opción: Ajustes/Ajustes Cyanogen/Aplicaciones/Lugar de instalación -> Interna
También suele pasar con algunos juegos (los pajaritos por ejemplo) que sienten un apego irresistible por la SD y hay que moverlos a mano a la memoria interna para que pasen a la partición ext de forma transparente.
