No se si será el caso pero lo comento por si acaso, un cuñado mio tenia el mismo problema, y el tema estaba en que tenia una aplicacion "mata procesos" y siempre que no tenia el whatsapp abierto la aplicacion no quedaba en segundo plano y por esa razon no llegaban las notificaciones, el s6 trae la aplicacion smart manager y dentro de ella en el apartado de bateria, si le das a detalles desactiva que no actue con el whatsapp, si no es esa la solucion, puede estar relacionada con algun bloqueador q tengas.
