Mi experiencia,
En el SGS he flasheado siempre a través de Odín, sin embargo con el Ace no me había atrevido a hacerlo y hoy (lo he posteado) me ha salido una actualización en el KIES que he aplicado.
He perdido el ROOT, pero luego he vuelto a rootear con el mismo oneclick que utilicé en la primera ocasión y volviendo a cargar el superuser y el Busybox del market, otra vez todo OK.
En principio no veo problemas a actualizar via KIES excepto que sólo tendrás las actualizaciones oficiales para tu codeproduct con lo cual podrías estar años sin actualizar (que se lo digan a los de movistar y sgs que todavía están en JP3).
Si cargas por Odin las oficiales que salgan el resultado es el mismo (es el mismo firmware) incluso en ocasiones con pérdida de datos si la instalación es limpia.
Otra cosa es quieres "adelantarte" y flashear ROM's no oficiales para tu terminal.
