Supongo, por intuición, que será asi:
Bajo Root, deberás instalar la APP como app de sistema.
para ello, por ejemplo, con el Root Explorer, arrastra la apk de su localización en la SD a esta ruta: system/app
Una vez copiada dentro, reinicias el teléfono y ya estará instalada, y por tanto, disponible en el menú de aplicaciones. Si quisieras desintalarla por cualquier motivo, simplemente bórrala y ya está.
Esto también te sirve para instalar cualquier app como app de sistema, y así evitar que un usuario sin conocimientos "avanzados" te desintale una aplicación.