Compañero, soy de la opinión de que es casi imposible MATAR del TODO a un Sony Xperia.
Creo que tu movil no esta apagado del todo, si no lo esta Flashtool no funcionara, por lo tanto lo primero es apagar el movil bien.
Vamos a hacer la operación de flasheo juntos.
1º apagar movil: pulsa y manten pulsados al mismo tiempo el boton de encendido y el de volumen + , hasta que el movil vibre 3 veces seguidas, en ese momento suelta los votones. El movil esta apagado y preparado para Flashtool.
2º Lanza Flashtool, pulsa en icono flash device y luego en flashmode, selecciona tu ROM.ftf, en Wipe selecciona las dos posiciones, pulsa el botón Flash, y espera a que Flashtool te pida conectar el movil en una ventana emergente, es muy significativa.
conecta con el cable USB el movil al Pc pulsando y manteniendo pulsado el botón volumen - (las dos cosas al mismo tiempo) hasta que se cierre la ventana emergente y empiece a flashear, entonces suelta el botón.
cuando termine de flashear cerciorate de que pone algo como flashen finished.
3º Desconecta el movil del PC y reinicialo.
Suerte y Saludos