Te recomiendo que utilices el método manual, sin utilizar ningún tipo de herramienta tipo All in One.
Estas herramientas son brickeadores natos de teléfonos.
Por otra parte para hacer limpieza de aplicaciones es mejor que utilices una app, tipo Titanium Backup o similar. Es mejor que borrar directamente las apks con un explorador de archivos.
Ten encuenta que no todas las apps de Google pueden ser borradas-desisntaladas sin que el systema tenga o te de algún tipo de error. Por lo cual, lo mejor sería si es de tu gusto, poner una Cyanogen con un paquete de Apps minimal. Con eso tendrías lo indispensable para que el teléfono este funcional.
Revisa bien los requerimientos que necesitas para portar cada Rom. Es muy importante, ya que sólo vas a desbloquear bootloader y rootear. Por lo tanto te recomiendo que vayas mirando los hilos referentes a S-Off, ya que es muy interesante y te dará la oportunidad de poner más Roms. Aparte tendrás el teléfono sin ningún tipo de problema para poder recuperarlo, en caso de problemas graves.
Saludos y Suerte!