Hola @
David_GT. Lo que te recomiendo es que hagas un Nandroid backup, lo que tu llamas

Cita:
hacer un backup de los datos de sistema y restaurarlos en esta room sin problemas

El eliminar el MarketUpdater significa que no se actualizará el Market, es decir, que no se te instalarán sus actualizaciones, las de la aplicación Market, las de las otras si se seguirán actualizando.
Los únicos problemas que te puedes encontrar son 0 porque esta ROM es una MOD de la original de @
poogie y no tiene ningún error! (o no han reportado ninguno :P)
SAlu2!