He flaseado varias veces desde CWM y nunca se borró la SD interna. Tampoco si haces wipes, que no es más que una limpieza (borrado) de determinadas áreas del sistema que pueden ser hechas al flasear una rom o manualmente desde el Recovery por ejemplo.
La carpeta del Titanium combiene que, para más seguridad, hagas una copia de respaldo a la SD externa y a tu PC. Si limpias o formateas la SD interna, basta con reinstalar el Titanium y volver a copiar la carpeta a la SD interna.
No tengo Ginger, pero supongo que es posible flasear cualquier kernel que sea compatible... A lo mejor necesitas después volver a hacerte root, pero en cualquier caso y por si las moscas, desactiva cualquier lagfix que tengas.
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