Al flashear el fix (update.zip) desde el Mi Recovery lo hace siempre en el system 1, además te marca esa partición como la de arranque (esto se puede cambiar, pero el fix va a seguir estando en el 1).
A mí eso me dio problemas también la primera vez que lo puse porque estaba usando el system 2, y no sé la manera de flashear en el system 2, así que tuve que flashear la rom otra vez para que me la pusiese en el 1 y luego aplicar el fix.