A mi me pasó ayer, y es porque estuve jugueteando con un programa para controlar las aplicaciones y servicios que arrancan con el teléfono con el fin de ahorrar memoria. Y hasta que no abrí el WhatsApp directamente, no me llegaron todos los que tenía esperando en cola en el servidor.
Aseguraros de que en "Ajustes/Aplicaciones/Servicios en ejecución" tenés corriendo de fondo el WhatsApp. Además, claro, de que lo tengáis activado en "Ajustes/Cuentas y sincronización".