Yo también he tenido el mismo problema después de flashear varias roms y restaurar tenia dos huellas registradas pero no me las reconocia y tampoco la contraseña alternativa. Como no me apetecía restaurar de fabrica después de mucho buscar he encontrado la solución. Para ello hay que ir a la carpeta data/validity y borrar el archivo template.db y listo ya te deja volver a registrar de nuevo las huellas. Espero que sirva por si le vuelve a pasar a alguien.
