De que aplicación se trata??
El root es a voluntad si no le das permisos a las aplicaciones que lo necesitan simplemente no te funcionarán ( Seguridad/permisos/root)
Con la aplicación quarantine gratuita de puede congelar cualquier aplicación del móvil, supongo que tienes que dar permisos root para que te funcione, no estoy muy seguro porque no la uso, yo utilizó titanium backup.
Enviado desde mi Redmi Note 2