Puess a ver si puedo responder:
1.- Me imagino que si, sigues con el root ya que se supone que el nandroid te deja todo exactamente igual que como lo dejaste pero la verdad es que no te lo puedo asegurar... Viendo está el tema de las rom oficiales igual la vuelves a poner y te jode el root y el s-off, pero en principio no creo, te lo debería dejar exactamente igual que como cuando hiciste el nandroid (esta que lo responda mejor alguien que lo sepa 100%
)
2.- Titanium funciona chachi e intuitivo a parte de que puedes hacer backups de todas las aplicaciones por si acaso. Si alguna dudas si se puede borrar o no lo mas práctico es buscar info de esa aplicación en google y en cuanto a otros programas... Root explorer, o desde el mismo pc con android commander porejemplo (hay otro par de aplicaciones por ahí para pc con esa función también).
3.- Sip, la hay: SetCPU por ejemplo que es la que he usado yo y unas cuantas mas... Si buscas root o cpu u overclock en el market o en applanet te salen unas cuantas.
Espero te sirva de ayuda ^^