¿Dónde se guardan? ¿En el teléfono, o en la SD?
¿Quizás tengas algún programa que las guarda en la nube, y tras la copia en la nube, te las borra de tu dispositivo? Aunque no creo que sea eso.
¿Quizás tengas una mala tarjeta SD, y por tanto, al estar defectuosa, se borren X datos aleatoriamente, entre ellos fotos?
¿Quizás es que tienes algún programa de limpieza, y cuando lo ejecutas, o se ejecuta de forma programada cada X días, te borra ciertos archivos, entre ellos las fotos?
Prueba QuickPic. Te rastrea todo el dispositivo en búsqueda de fotos, tanto en la memoria interna como en la SD, y te las muestra.