A mi también me pasó lo mismo, el primer Antutu que hice me dio 35000, me fijé en las características del procesador y ponía 1440 Mhz como velocidad máxima. Se me ocurrió cargar la batería al 100% y al volver a realizar la prueba me dió 55.000.
Deduzco que debe ser algo del ahorro de energía cuando la batería está por debajo de un porcentaje determinado.
Decir también que antes de hacer Antutu por segunda vez seguí el siguiente tutorial:
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=1086856
Yo de ti, cargaría la batería, seguiría el tutorial y cuando lo tengas todo a punto, vuelve a ejecutar Antutu con la batería cargada.