De momento lo he solucionado haciendo una copia de los datos de Whatsapp con el Titanium, y restaurando los datos después d ecambiar la rom.
Da yuyu restaurar datos de una app después de cambiar de rom, pero entre las coredroid me ha funcionado sin problema.
El caso es que a veces si que recupero todo, pero otras veces no. No se cada cuando hace el BK el puñetero Whatsapp!