Haz un backup de las aplicaciones con Titanium y ya que tu objetivo es actualizar pues mete la stock de 5.1 que hay para flashear desde el recovery, haz wipes de system, cache, dalvik y data. Después solo tendrías que flashear los archivos de root y xposed y restaurar con Titanium.
Creo que es lo mejor que puedes hacer y la ruta mas fácil con la que evitar complicaciones posteriores.