Tras ver que no recibía respuesta voy a dejar mis deduciones por si le pueden servir a alguien de ayuda.
Para tener OTA es necesario tener el recovery original.
Con Mi4i Toolkit v4 he intentado cambiar al MiRecovery y me ha jodido el recovery, no me lo abría. Por lo que no recomiendo si quereis volver al recovery original utilizarlo. Para instalar el MiRecovery hay que instalar una FastROM (por ejemplo, con el MiPhoneManager. Cualquier duda preguntadme).
Ninguna ROM oficial da por ahora acceso ROOT por ahora, ni de desarrollo ni estables, al menos desde seguridad.
Para tener el terminal con ROOT y con OTA, es necesario volver al Recovery original con una ROM Oficial y posteriormente hacerlo ROOT con MI4i Toolkit v4.