Esta respondido muchas veces en el foro. Puedes quitar o añadir los apk que quieras (cuidado con los que borras o no funcionara la Rom, haz un nandroid backup por si las moscas).
Al modificar el zip se pierde la firma, por lo que para flashear la Rom, hay que deshabilitar la comprobacion de firma en el recovery antes del flasheo, o firmar la Rom de nuevo, hay tutoriales explicandolo.