La última ROM de Cyanogen permite hacer justo eso: decidir qué permisos darle a cada aplicación. El sistema por defecto o da todos los permisos o nada.
No existe nada a nivel de aplicación que permita hacerlo
De todos modos, no tendrías que temer aplicaciones que descargues del Market o de sitios oficiales. Muchas veces puede asustar la cantidad de permisos que exige una aplicación, pero normalmente tienen su lógica. Por ejemplo una aplicación para escuchar la radio por internet puede pedir acceso a controlar las llamadas: esto tiene lógica ya que la aplicación querrá detener la reproducción de la radio cuando entra una llamada telefónica