ROM Manager realmente no flashea ningun recovery, usa la tecnica fake-flash usando un update.zip de la SD como recovery, pudiendo asi utilizar 2 recoverys diferentes, uno flasheado y otro en la SD. Lo más probable es que hayas borrado ese archivo de la SD y por eso ahora no te funciona. Dale a Flashear recovery, y te añadirá lo que le falta a la SD para funcionar correctamente.
Siempre que accedas al recovery desde ROM Manager cargaras un recovery, y siempre que apagues y accedas al recovery manualmente accederás al que realmente esta flasheado.
Si no recuerdo mal esto esta explicado en las chinchetas, por si quieres pegarle un ojo y que te quede más claro.