Pues claro que las vas a encontrar en 2do plano, o es que si no se activan, como se supone que puedan actualizarse?
De resto, estás hecho un lío. Desactivar las apps de fábrica no te mejorará el rendimiento, a menos que estén constantemente corriendo en 2do plano. Y ahí tampoco, porque yo no tengo desactivada ninguna app que venga con la ROM, y ninguna esta corriendo en segundo plano.
No le veo sentido alguno a ir desactivando apps a lo loco. Prueba con Greenify, es igual de efectivo y no tienes que dejar de usar las apps si o sí.