No se me ocurre mucha solución... porque la oficial, la stock, te bootea bien, ¿no?
El módem y demás los tienes de Lollipop seguro ¿no? (Recuerda que hay veces que no se flashea bien el módem, se recomienda antes de flashear por Odin, justo antes quitar la batería unos minutos y luego ya flashear)
Luego hay una cosa que hago yo cuando hago instalaciones limpias y es hacer format system, modem, de todo menos de Bootloader y Boot (no me acuerdo si había format boot, pero bueno, por si acaso

), pero eso lo hago yo por manía

.
Como ultimisimo recurso baja a KitKat y sube a Lollipop, con wipes de por medio si alguno no arranca, que es lo que me pasó a mi, no booteaba, hice wipes y no sé si metí la de 4 archivos o la de uno, volví a hacer wipes tras un segundo flasheo de creo el mismo (pero no sé si cambié la de un archivo por la de 4, al revés o si estuve todo el rato con la de 1 o la de 4... mucho lío

), y ya arrancó KitKat y actualizo a Lollipop por OTA
Igual así puedes meter la custom... pero no tiene sentido. En mi caso fue porque venía de una custom Lollipop, creo que justo esta o no sé por qué lo de no poder bootear KitKat hasta hacer eso que te he dicho... pero no creo que esté lo mío relacionado con lo tuyo, aunque lo digo por si acaso, pero deja lo mío como ultimísimo recurso (lo de los flasheos que he citado, y tal) y si te bootea stock Lollipop y tienes el kernel Lollipop (empieza por ponerlo si no lo tienes por algún motivo o por actualizarlo) no hagas lo que hice yo ni de broma, que es mucha movida
Una cosa más. Usa una Lollipop moderna, ya que está en el post es la primera o segunda PHE, pero hay una PHE más nueva, o incluso otra con otro csc, que siempre con un programa que te hará reseteo de fábrica (el Samsung CSC changer o algo así, mete antivirus antes de bajarlo por si acaso encuentras una app "imitadora") puedes volver a poner PHE. Aunque esta creo que cambiaba a BTU
El caso, usa una Lollipop moderna, comprueba el módem y flashea volviendo a bajar la rom por si está mal bajada
Y recuerda lo de la copia de seguridad, aunque si no la has hecho ya casi seguro estarán los datos perdidos, salvo tal vez los de la sd, que no estoy seguro de si los wipes se los llevaba por delante... ahora, eso sí, haz copia aún así por si acaso de la sd si tienes, así de paso puedes hacer format también a sdcard en el custom recovery (recuerda no hacer wipes a boot y/o bootloader ;))
Un Saludo y perdón por el tocho

^^