Cuando flasheas, siempre al meter de nuevo las roms limpias iniciales (antes de meter una rom cocinada) hay un paso para hacer de nuevo root mediante Odin al teléfono. Por ese particular no te preocupes que es un paso más del proceso.
Sobre la liberación, creo que no se perdía, pero en el caso de necesitar liberarlo de nuevo, son el samsung unlock de nuevo lo tienes libre en un minuto !!!
Para que lo entiendas a groso modo...la rom es como el sistema operativo, el firmware más externo del teléfono (por supuesto modificable a nuestro gusto), es decir...la parte "visual", mientras que el kernel, es el sistema operativo interno, lo que proporciona ewl acceso al hardware del teléfono....
Cuando te bajas una rom cocinada, como su propia denominación indica, viene con "todo puesto"....