Todo esto está muy bien. Yo he estado escudriñando ya es todas estas cosas: modificar un zip antes de instalar, y modificar con android commander una vez instalado. La teoria es sencilla y facil de manejar.
Lo que hecho en falta, es una lista de correspondencia entre las aplicaciones y el archivo que se debe borrar. Por ejemplo, la aplicación que sale en la wildfire que pone "aprenda mas", creo que naide lo usa pero no hay manera de saber qué archivo es el que hay que borrar para quitarlo.
Si entre todo hicieramos una lista como esa, cada cual quitaria lo que no usa o porque usa otra aplicacion y lo haria de forma segura y sin problemas. Los dos métodos funcionan muy bien ya que los he usado y los sigo usando.