Aunque yo recomiendo que copies todos los datos de tu SD al ordenador en una carpeta, le pongas la fecha o algo así, y formatees la sd correctamente (Swap: 32 Mb, Ext3: 512 Mb o 1 Gb, depende de la cantidad de apps, y el resto en FAT32), ya que la mayoría de Rom's de hoy en día traen en A2SD, yo al principio no formateaba la sd para no tener que estar copiando datos, pero así además de hacer un buen uso de la herramienta para pasar apps a la SD, haces una buena limpieza
(luego puedes ir metiendo las carpetas que realmente te interesen, como datos de juegos, imágenes, música, etc...)