La copia de Titanium está en la tarjeta de memoria, en una carpeta que crea el propio programa), con que la pongas en la misma ubicación cuando cambies la ROM a NAND, no debería tener problemas. Yo también estuve mucho tiempo con WM6.5+SD Android, en concreto la HD2Froyo. Pero no quise utilizar el backup y empecé de cero con esta build, que por cierto cada vez es más espectacular.
Una recomendación que no he visto en ningún lado y a mí me paso. Cuando use el ADW Launcher, se me enganchaba un montón. Ahora uso el Launcher Pro Plus 8.4.5 y la HD2 con Android corre más en algunos sitios que la Nexus One de un colega, sobretodo en transiciones graficas.
En cuanto a la partición, yo cree para la ocasión una Ext4, ya que creo que va mejor la HD2 con ella, no se si influye mucho (creo que si) pero te recomiendo que la tarjeta SD sea al menos una clase 4. Las clase 2 al hacer la partición en EXT4 van muy mal.
Bienvenido...y lee la Androipedia, te aseguro que te ayuda un montón, como te ha dicho el compañero mimorex.