Yo lo he hecho por el Nexus root toolkit de la siguiente forma:
Bajar la imagen y descomprimirla, luego descomprimir el archivo que se queda.
Abrimos el Toolkit
Instalamos los drivers y activar el modo depuración en el móvil.
Nos vamos a las advanced Utilities->
Dentro vamos a fastboot erase y marcamos todo->
Una vez marcado todo seguimos los pasos de fasboot Flash->
1.Boot-
2.Bootloader
3.Radio.
4.Recovery
5.System.
Con este último ya tenemos 6.0 completa dentro del n6.
Muy importante que cada vez que reinicie el teléfono mantener los botones para que acceda al bootloader.
