Hola, vamos por partes:
1. El zip, sí, lo puedes borrar una vez que hagas la instalación y compruebes que todova bien.
2. El espacio que te ocupa la "Memoria del sistema", la rom una vez instalada, es correcto 5,54 GB, lo puedes ver en la captura que adjunto más abajo.
3. No tienes problemas con la caché, 28 mb es muy poco.
4. Una rom para el Note 2 más optimizada y bonita que la que nos dejó el amigo Kazica antes de mudarse... para gustos, colores, pero yo no conozco ninguna, hizo un gran trabajo junto a su equipo y funciona perfectamente.
5. Tengo más de 40 aplicaciones de usuario instaladas en la memoria interna y todavía me queda espacio, tienes algún problema con el espacio. En Ajustes/Almacenamiento donde has hecho las capturas pulsa sobre "Espacio utilizado" y sobre "Varios archivos", deberías ver qué es lo que ocupa más. Si puedes instalar "Es File Explorer" tiene una opción de "Analista de tarjeta"
6. Si con eso no lo has solucionado, haz cosa de seguridad de TODO lo que no quieras perder. Formatea la tarjeta SD y haz una instalación completamente limpia de una rom Stock, eso sólo se consigue haciéndola con el archivo PIT por ODIN. A continuación vuelve a instalar la Kiuby desde cero siguiendo todos los pasos al pié de la letra.
Espero haberte ayudado. Un saludo.