Si quieres conservar tus aplicaciones y configuraciones entre flasheo y flasheo (si haces todos los wipes, claro), lo suyo es hacer backup de todas ellas con Titanium Backup... Después del flasheo instalas TB, y desde él puedes recuperar con una sola tecla todas tus aplis y configs. No se recomienda recuperar configs de sistema... sólo aplis, aunque TB te hace backup de todo.
Un saludo.