Me respondo una solución temporal.
Hice un soft reset (borrando también el contenido de la sd) y eso mejoró bastante, se sigue cambiando el wallpaper muy de vez en cuando, pero el botón de home/back ya no se vuelve loco, como cosa curiosa eso sucede más cuando uso alguna app para leer como moon+ o Google ebook reader.
En una semana se han cambiado en 2 ocasiones mis wallpapers pero ningún botón vuelto loco.
No es una solución definitiva pero al menos mejoró.