Xiaomi.eu recomienda usar el updater o MiRecovery.
Pero si usas un recovery modificado, tienes más opciones: Backup completo de tu rom actual, alternar entre system 1 y system 2,... y más...
Cada uno tiene su utilidad dependiendo de lo que cada uno quiere hacer.
Yo he usado recoverys y nunca tuve problemas. Pero la rom que ahora mismo tengo en el móvil la instalé mediante updater y va perfectamente. Hice todos los wipes desde MiRecovery y después flahseé la rom con el updater.
Quizás algún otro compañero pueda decirnos algo más al respecto.
Saludos.