Vamos por pasos. Tienes bootloader desbloqueado y has habilitado la depuración usb en opciones de desarrollo? Olvidé un paso que puede pasar inadvertido, cuando le das a rotear y puede que aquí también, debes fijarte en la pantalla del N6, aparecerá un diálogo, y aceptar la petición del programa para modificar tu dispositivo.
Actualizo con éste detalle el tutorial en la sección de hacer root.
Prueba ahora fijándote en éste detalle y me comentas. Si no vas a tener el terminal roteado puedes instalar la tercera beta de marshmallow. Yo la instalé sin ningún problema. Ejecuté y estube cacharreando en marshmallow un poco.
Si instaláis las betas de Marshmallow NO ROTEAR.