He instalado cm 12 .1 y efectivamente solo te deja parchear la Rom y no las gapps. Una vez creado el archivo lo flasheas desde recovery. Eso sí, para habilitar el root en Cyanogen debes activar opciones de desarrollador y activar modo administrativo y seleccionar aplicaciones y adb , la última de las 4 opciones.
Edito...
Si que deja parchear las gapps. El truco está en parchear todos los archivos que necesites antes de reiniciar e instalar en recovery. Vas a patch file y lo haces. Después ya desde recovery instalas ambos archivos (o los que sean necesarios si hay algún mod flasheable) pero siempre que previamente hayas parcheado esos archivos,... Fácil verdad?